Werner Stannat unterrichtete selbst alle Sparten der Abteilung Musikinstrumentenbau und entwickelte die Abteilung während seiner Zeit an der OWS kontinuierlich weiter. Als Cembalobaumeister lag ihm die Modernisierung der Ausbildung im Klavier- und Cembalobau besonders am Herzen, auch die Orgelbauer und Blasinstrumentenmacher profitierten aber von seiner Expertise. Viele Jahre übernahm er mit großem Engagement die Klassenlehrerfunktion in den Klavierbau-Meisterklassen.
Die Sonderstellung der Oscar-Walcker-Schule als Bundesfachschule im Orgelbau und im Klavier- und Cembalobau führte zu einer besonderen öffentlichen Wahrnehmung der Schule und zu vielen Besuchen hochrangiger Gäste. Durch die Benennung des deutschen Orgelbaus zum immateriellen UNESCO-Kulturerbe wurde dies noch verstärkt. Solche Besuche plante und organisierte Stannat souverän parallel zu seinen alltäglichen schulischen Leitungsaufgaben und seinem Unterricht. Lehrkräften und Auszubildenden werden die vielen hochkarätigen Weihnachtskonzerte in schöner Erinnerung bleiben, deren Organisation Stannat ebenfalls übernommen hat.
Sowohl die Oscar-Walcker-Schule als Institution als auch die Schülerinnen und Schüler profitierten davon, dass Stannat in der Branche hervorragend vernetzt war. Nicht nur innerhalb Deutschlands, sondern auch ins europäische und außereuropäische Ausland pflegte er intensive Kontakte zu namhaften Betrieben und Verbänden und ermöglichte den Schülerinnen und Schülern damit spannende Exkursionen und Betriebsbesichtigungen. Auch im Bundesinnungsverband war Stannat über viele Jahre ein geschätztes Mitglied.